L’enquête interne en entreprise : le guide complet 2025

On ne déclenche pas une enquête interne « pour la forme ». On la met en place quand l’entreprise a de bonnes raisons de penser qu’il se passe quelque chose d’anormal : un signalement, un témoignage, un doute sérieux.

L’enjeu est double : Protéger les personnes (salariés, victimes, témoins, lanceurs d’alerte) ET Protéger l’entreprise (juridiquement, socialement, en termes d’image et de conformité).

Les autorités rappellent d’ailleurs qu’une enquête interne ne doit être ouverte que si le signalement nécessite des investigations complémentaires : quand les faits ne sont ni manifestement infondés, ni déjà parfaitement établis.

Dans la pratique, quatre grands types de situations conduisent à déclencher une enquête.

Les signalements et alertes internes

Première source classique de déclenchement : le signalement interne.

Depuis la loi Sapin II, complétée par d’autres textes, les entreprises de taille significative doivent mettre en place un dispositif de recueil et de traitement des alertes (ligne dédiée, outil numérique, adresse e-mail, etc.), avec des délais pour accuser réception et traiter l’alerte.

Lorsqu’un salarié alerte sur :

• des faits de harcèlement,
• une suspicion de fraude,
• un conflit grave,
• une atteinte à la probité ou à la sécurité,

L’employeur doit réagir rapidement. Le Défenseur des droits recommande une méthodologie structurée pour le recueil du signalement et, si nécessaire, l’ouverture d’une enquête interne, dans le respect de la confidentialité, de l’impartialité et de la rigueur.

Déclencher une enquête interne permet alors de :

• montrer que l’alerte est prise au sérieux,
• vérifier les faits avant toute décision,
• éviter les représailles contre le lanceur d’alerte,
• documenter la réaction de l’entreprise en cas de contentieux.

C’est aussi une des clés pour rendre un dispositif d’alerte crédible et efficace : l’AFA rappelle que l’enquête interne est au cœur de la mesure d’alerte interne et renforce la qualité du programme de conformité.

Les problématiques RH (harcèlement, discrimination, conflits)

Deuxième grande catégorie : les situations RH sensibles, notamment :

• harcèlement moral,
• harcèlement sexuel,
• agissements sexistes,
• discrimination,
• conflits graves ou management toxique.

En matière de harcèlement moral, par exemple, lorsqu’un agissement est signalé, la jurisprudence et les acteurs institutionnels rappellent qu’il appartient à l’employeur de mener une enquête sérieuse avant de trancher.

Les guides sur le harcèlement sexuel au travail prévoient également expressément la possibilité — et souvent la nécessité — d’une enquête interne après un signalement, avec information des salariés sur les personnes référentes et sur le processus d’enquête.

Dans ce contexte, déclencher une enquête interne sert à :

• protéger la santé physique et mentale des salariés (obligation légale de l’employeur),
• faire cesser rapidement une situation de harcèlement ou de violence interne si elle est avérée,
• éviter de sanctionner injustement sur la base de rumeurs,
• traiter un conflit grave de manière structurée et documentée.

Pour ces dossiers particulièrement sensibles humainement et juridiquement, beaucoup d’entreprises choisissent d’externaliser l’enquête (par exemple à un professionnel agréé), ce qui permet de limiter les conflits d’intérêts et les suspicions de partialité, surtout lorsque la hiérarchie est impliquée.

Les enjeux de conformité et de lutte anticorruption

Troisième déclencheur : les risques de corruption, de fraude et d’atteintes à la probité. La loi Sapin II impose aux grandes entreprises de mettre en place un programme anticorruption incluant un dispositif d’alerte, une cartographie des risques, des procédures de contrôle, etc.

Dans ce cadre, l’enquête interne anticorruption intervient typiquement lorsque :

• une alerte fait état de paiements suspects,
• un salarié signale des cadeaux ou avantages anormaux,
• des anomalies sont détectées dans les contrôles internes,
• un partenaire ou fournisseur est mis en cause.

Le guide commun AFA / Parquet national financier précise que l’enquête interne anticorruption aide l’entreprise à :

• comprendre les faits et leur ampleur,
• prendre des décisions adaptées (sanctions internes, réorganisation, rupture d’un contrat),
• améliorer la mesure d’alerte interne,
• renforcer la qualité globale du programme de conformité.

Même si la loi ne rend pas toujours l’enquête obligatoire en matière de corruption, elle devient en pratique un outil stratégique : mieux vaut investiguer sérieusement en interne avant d’être confronté à une enquête externe (autorités, régulateurs, justice).

Les risques liés à la sécurité et aux comportements déviants

Enfin, une enquête interne peut être déclenchée pour des risques liés à la sécurité ou à des comportements déviants au travail :

• menaces, agressions verbales ou physiques,
• comportements violents ou intimidants,
• non-respect grave des règles de sécurité,
• comportements à risque pouvant mettre en danger des collègues ou des tiers.

Les organismes de prévention rappellent que la violence au travail recouvre tout comportement qui s’écarte d’une attitude raisonnable et qui lèse, menace ou blesse une personne dans le cadre de son travail.

Dans ces situations, l’enquête interne permet de :

• qualifier précisément les faits (accrochage ponctuel, violence répétée, risque structurel),
• vérifier si l’organisation du travail ou le management favorisent ces dérives,
• décider de mesures immédiates (éloignement, changement d’affectation, rappel aux règles, sanctions),
• documenter les décisions en matière de santé et sécurité au travail.

Là encore, s’appuyer sur un intervenant externe neutre peut être utile lorsque le climat est très tendu ou que la confiance est rompue en interne.

Lorsque l’employeur décide d’ouvrir une enquête interne, il entre dans un cadre juridique strict. Cette démarche ne se fait pas « à la légère » : l’entreprise doit respecter ses obligations légales, garantir les droits des salariés concernés, et éviter les erreurs qui peuvent compromettre l’enquête ou engager sa responsabilité.

Les obligations légales de l’employeur

L’employeur, sous l’effet du Code du travail français, est tenu à plusieurs obligations :

Il doit veiller à « prendre les mesures nécessaires pour assurer la sécurité et protéger la santé physique et mentale des travailleurs » (art. L 4121-1). Par exemple, dès qu’un signalement de harcèlement moral ou sexuel est porté, l’employeur doit agir.

Lorsqu’un signalement évoque un agissement potentiellement fautif (harcèlement, discrimination, fraude…), l’employeur est souvent amené à lancer une enquête interne avant toute décision disciplinaire, afin d’établir les faits de façon rigoureuse. 

Plus largement, dans un contexte de conformité et d’alerte interne, l’entreprise doit mettre en place un dispositif de recueil des signalements, documenter ses investigations et pouvoir démontrer qu’elle a respecté ses obligations de diligence. 

L’employeur doit également respecter les règles de traitement des données personnelles (RGPD), assurer la confidentialité et limiter l’accès aux documents de l’enquête aux personnes habilitées.

En résumé : l’ouverture d’une enquête interne doit s’inscrire dans une démarche préventive, documentée et respectueuse des droits, non simplement symbolique.

Les droits des salariés auditionnés

Les salariés concernés, qu’il s’agisse d’une personne mise en cause ou d’un témoin, bénéficient également de garanties juridiques fortes dans le cadre d’une enquête interne.

Le principe de la présomption d’innocence et le respect du droit à la défense s’appliquent : la personne mise en cause doit avoir la possibilité de s’expliquer, d’être entendue, de présenter ses témoins. 

Le guide du Défenseur des droits rappelle que l’enquête ne doit pas être menée « à charge » uniquement : les témoins et les personnes auditionnées doivent avoir un traitement équitable. 

La personne auditionnée doit être informée des faits reprochés, du caractère non-coercitif de l’entretien, de son droit de se taire ou d’être assistée d’un conseil si nécessaire. 

Le salarié témoin ou lanceur d’alerte doit aussi être protégé : contre les représailles, contre la divulgation injustifiée de son identité, dans la mesure du possible selon le dispositif d’alerte. 

Ainsi, une enquête interne bien menée intègre des conditions d’équité, de transparence (dans la mesure du possible) et de respect des personnes, ce qui renforce sa valeur probante.

Les limites juridiques et risques à éviter

Même si l’enquête interne reste un outil puissant, elle comporte des risques juridiques si elle est mal conduite. 

La jurisprudence rappelle que le simple fait de lancer une enquête ne suffit pas : sa rigueur, impartialité, exhaustivité seront examinées par les juges. Une enquête mal diligente peut être écartée comme preuve. 

L’employeur doit éviter de privilégier un « enquête interne à charge », excluant la possibilité de défense pour la personne mise en cause. Le non-respect du contradictoire peut fragiliser les décisions disciplinaires. Des méthodes ppropriées (écoute cachée, enregistrement sans consentement, absence d’impartialité) expose l’employeur à des sanctions ou à la nullité des mesures prises. 

Le rapport final doit être documenté, motivé, et conservé : l’employeur doit pouvoir le justifier en cas de contestation. 

En bref : une enquête interne doit être conçue non comme une simple formalité, mais comme une démarche à part entière, rigoureuse, encadrée — faute de quoi, elle peut se retourner contre l’entreprise.

Une enquête interne suit un cheminement précis. Même si chaque situation est unique, la démarche repose toujours sur les mêmes fondations : méthode, impartialité, confidentialité et rigueur. Voici les étapes clés qui permettent d’aboutir à une conclusion juste et solide.

Étape 1 : Décision de lancement et cadrage de l’enquête

La première étape consiste à décider si une enquête interne doit être ouverte.
Cette décision intervient lorsqu’un signalement, une alerte interne, un témoignage, un doute sérieux ou un fait anormal nécessite d’être vérifié.

Une fois l’enquête déclenchée, l’entreprise doit formaliser : l’objet de l’enquête, les faits à éclaircir, les personnes potentiellement concernées, le périmètre des investigations, les règles de confidentialité et les moyens qui seront utilisés.

Ce “cadrage” est essentiel : il fixe un cadre clair, évite les dérives, protège les droits des salariés et garantit une démarche professionnelle. Il constitue la base de la traçabilité de toute l’enquête.

Étape 2 : Nomination de l’enquêteur interne ou d’un enquêteur privé agréé

Une fois l’enquête cadrée, l’entreprise doit désigner qui la mènera. Il existe deux options :

1. Un enquêteur interne (RH, juriste, manager formé)

Pratique pour les situations simples, lorsque l’expertise existe en interne et que la neutralité est garantie.

2. Un enquêteur privé agréé (détective privé / agent de recherches privées)

C’est souvent la meilleure option lorsque : le dossier est sensible (harcèlement, discrimination, fraude, corruption…), la hiérarchie directe est impliquée, l’entreprise veut éviter les conflits d’intérêts, elle a besoin d’une impartialité totale, ou que les faits nécessitent une véritable compétence d’investigation.

Un enquêteur privé agréé présente plusieurs avantages : indépendance réelle, méthodologie professionnelle d’investigation, collecte de preuves admissibles, respect strict du cadre légal, confidentialité renforcée, neutralité perçue par les salariés, ce qui apaise les tensions.

Sa mission n’est pas de sanctionner, mais d’établir des faits objectifs pour éclairer les décisions de l’employeur.

Étape 3 : Collecte des éléments et preuves disponibles

C’est l’une des phases les plus importantes de l’enquête. Elle consiste à réunir tout ce qui peut permettre de comprendre les faits : échanges d’emails, documents internes, historiques, plannings ou relevés de présence, messages pertinents, procédures internes, éventuels éléments matériels.

Cette collecte doit respecter : le RGPD, les droits des salariés et le principe de proportionnalité (ne pas collecter plus que nécessaire).

L’objectif n’est pas de “fouiller” de manière abusive, mais de réunir des éléments objectifs qui serviront de base solide à l’enquête.

Étape 4 : Audition des personnes concernées et témoins

Après la collecte documentaire, place aux entretiens. Les auditions permettent de comprendre la réalité du terrain, d’entendre les différentes versions, et de recouper les éléments.

On distingue généralement :

• la personne à l’origine du signalement,
• la personne mise en cause,
• les témoins ou collègues présents,
• parfois des acteurs périphériques (managers, référents…).

Une audition doit être :

• respectueuse,
• neutre,
• non coercitive,
• confidentielle,
• et menée selon une méthode claire.

Le salarié doit pouvoir :

• savoir pourquoi il est entendu,
• s’exprimer librement,
• présenter ses éléments,
• être protégé contre les représailles,
• et — si nécessaire — être accompagné.

Les auditions sont souvent la partie la plus sensible et la plus délicate.

C’est aussi là qu’un enquêteur privé agréé fait la différence : sa neutralité et sa technique d’entretien permettent d’obtenir des témoignages plus précis, plus sereins et surtout mieux structurés.

Étape 5 : Analyse des faits et qualification

Une fois les éléments réunis, l’enquêteur analyse :

• la cohérence des témoignages,
• la crédibilité des versions,
• les éventuelles contradictions,
• les preuves matérielles,
• le contexte,
• et les enjeux juridiques.

L’objectif est de déterminer :

• ce qui est établi,
• ce qui ne l’est pas,
• ce qui reste incertain,
• et quelle qualification peut s’appliquer (harcèlement, manquement, faute, dysfonctionnement managérial, conflit, ou absence d’élément probant).

Cette étape demande méthode, recul et une vraie capacité d’analyse. C’est elle qui donne tout son sens à l’enquête interne : traduire des faits bruts en constats fiables.

Étape 6 : Rapport final et décisions de l’employeur

La dernière étape consiste à rédiger un rapport d’enquête interne clair, structuré et objectif.

Il contient généralement :

• le contexte,
• la méthodologie,
• les documents consultés,
• les auditions,
• l’analyse,
• les faits établis et non établis,
• les conclusions.

Ce rapport n’est pas automatiquement remis à toutes les parties : il appartient à l’employeur de décider de sa diffusion, en respectant confidentialité et protection des données.

Sur cette base, l’employeur peut ensuite prendre :

• une sanction disciplinaire,
• une mesure corrective,
• une médiation,
• une formation,
• un rappel à l’ordre,
• une réorganisation,
• ou aucune sanction si les faits ne sont pas caractérisés.

L’enquête interne n’est pas une fin en soi, mais un outil de décision qui sécurise l’entreprise, apaise le climat social et protège les salariés.

Confier une enquête interne à un détective privé agréé permet à l’entreprise de bénéficier d’une démarche impartiale, méthodique et juridiquement sécurisée. La profession est encadrée par le Livre VI du Code de la sécurité intérieure, qui définit son champ d’activité et les obligations déontologiques qui s’imposent à elle.

Neutralité et impartialité renforcées

Faire intervenir un enquêteur privé permet d’éviter toute suspicion de partialité. Lorsqu’un manager, un collègue ou un membre des RH mène lui-même l’enquête, les salariés peuvent douter de l’objectivité du processus. Un enquêteur externe, n’ayant aucun lien hiérarchique ou personnel avec les protagonistes, apporte une distance émotionnelle, une neutralité totale, un climat de confiance et une parole plus libre durant les auditions. Cela améliore directement la qualité des informations recueillies.

Compétences d’investigation professionnelles

Le Code de la sécurité intérieure, dans son article L621-1, définit l’activité des agents de recherches privées comme le fait de : rechercher, même sans faire état de sa qualité ni révéler l’objet de sa mission, des informations ou des renseignements destinés à des tiers pour les besoins de la défense de leurs intérêts.

Cette définition positionne le détective privé comme un professionnel de l’enquête, dont le métier consiste précisément à :

• analyser des situations,
• établir des faits,
• mener des entretiens,
• recouper des informations,
• rédiger des rapports exploitables.

Son expertise méthodologique constitue une réelle plus-value pour les enquêtes internes, notamment en cas de harcèlement, discrimination, fraude, conflits ouverts ou comportements déviants.

Légalité, déontologie et devoir de discrétion

L’exercice de la profession est strictement encadré et soumis à une déontologie exigeante. Le Code de la sécurité intérieure, à l’article R631-9, impose au détective privé, ou agent de recherches privées, un devoir de discrétion et de confidentialité permanent.

Ce devoir de discrétion est essentiel dans le cadre d’une enquête interne, où les informations sont sensibles et les risques de fuite particulièrement élevés.

Pour l’employeur, cela garantit que :

• les données sont traitées et conservées de manière professionnelle,
• seules les personnes strictement habilitées y ont accès,
• la réputation de l’entreprise est protégée,
• les témoins et parties prenantes sont sécurisés.

Collecte de preuves admissibles et méthodologie spécialisée

Un avantage décisif du détective privé réside dans la recevabilité judiciaire de ses rapports. Cette recevabilité repose sur une jurisprudence bien établie :

✔ Arrêt Torino – Cour de cassation, 7 novembre 1962

Cet arrêt fondateur pose les critères de validité d’un rapport : identité claire de l’enquêteur, preuves obtenues légalement, témoignages précis et circonstanciés, absence d’animosité de l’auteur.

✔ Cour d’appel de Caen, 4 avril 2002

La cour confirme que les rapports de détective privé sont recevables au même titre que tout autre mode de preuve, sous réserve de licéité.

✔ Cour de cassation, 12 novembre 1997 (2e civ.)

La Haute juridiction rappelle qu’un rapport d’enquête privée ne peut pas être écarté pour un simple défaut de forme(ex. absence des formalités prévues à l’art. 202 du CPC). Il doit être examiné sur le fond.

Confidentialité totale et réduction des risques pour l’employeur

Les enquêtes internes traitent souvent de sujets sensibles : harcèlement moral ou sexuel, discrimination, conflits hiérarchiques, soupçons de fraude, comportements déviants, risques psychosociaux.

Pour éviter les rumeurs, les tensions, les représailles et les fuites d’informations, l’entreprise a besoin d’un professionnel soumis à un strict devoir de confidentialité. Le détective privé garantit :

• une sécurisation totale des informations,
• une gestion confidentielle des auditions,
• une rédaction prudente et professionnelle des rapports,
• une protection accrue pour les témoins et les parties.

C’est l’un des moyens les plus efficaces pour réduire les risques juridiques, humains et réputationnels, tout en renforçant la crédibilité de l’enquête interne.

L’enquête interne et l’audit interne poursuivent des objectifs très différents, même si les deux démarches renforcent la gouvernance de l’entreprise.

L’enquête interne est une procédure réactive. Elle intervient lorsqu’un signalement, une alerte ou un fait suspect doit être vérifié : harcèlement, discrimination, fraude, conflit grave, comportement déviant. Son objectif est d’établir la réalité des faits et de permettre à l’employeur de décider de mesures adaptées (sanction, mise à pied, médiation, réorganisation…).

L’audit interne, lui, est une démarche préventive et organisationnelle. Il vise à évaluer l’efficacité des processus, des contrôles internes, des risques ou de la conformité globale. Il ne concerne pas des comportements individuels, mais des fonctionnements : procédures RH, circuits financiers, sécurité, conformité réglementaire…

Les deux outils sont complémentaires : l’audit identifie les risques, l’enquête les traite quand un incident survient.

Les entreprises ont recours à l’enquête interne dans de nombreuses situations. Voici les cas les plus fréquents, illustrant la diversité des problématiques rencontrées.

Harcèlement moral

Le harcèlement moral est l’un des motifs les plus courants de déclenchement d’une enquête interne. Il peut prendre plusieurs formes :

• dénigrement répété,
• critiques humiliantes ou insultantes,
• mise à l’écart volontaire,
• surcharge de travail délibérée,
• pressions ou menaces,
• management agressif ou toxique.

Face à une alerte, l’employeur doit réagir rapidement pour protéger la santé mentale du salarié concerné.

L’enquête interne permet de :

• recueillir les témoignages,
• analyser la cohérence des récits,
• vérifier l’existence d’un comportement récurrent,
• déterminer si le harcèlement est avéré ou si le conflit relève d’un autre dysfonctionnement.

Harcèlement sexuel

Ces situations sont particulièrement sensibles et requièrent une gestion exemplaire. Les faits signalés peuvent inclure :

• propos ou gestes déplacés,
• messages insistants à caractère sexuel,
• sollicitations non désirées,
• comportements intimidants,
• gestes inappropriés,
• pression assimilable à du chantage sexuel.

Dans ce type de dossiers, une enquête interne doit être menée avec :

• discrétion absolue,
• grande rigueur,
• neutralité,
• écoute respectueuse des personnes entendues,
• et une documentation soigneuse des déclarations.

La qualité du processus protège les victimes… mais aussi les mis en cause en cas d’accusation infondée.

Fraude et détournement interne

Les enquêtes internes en matière financière ou opérationnelle concernent souvent : détournement de fonds, manipulation de factures ou notes de frais, falsification de documents, abus de confiance, vols internes, irrégularités comptables.

Ces affaires exigent une approche méthodique, car elles peuvent avoir un impact juridique, financier, organisationnel et parfois pénal.

L’enquête permet de :

• comprendre l’ampleur des faits,
• identifier les failles internes exploitées,
• déterminer si le comportement implique une ou plusieurs personnes,
• et sécuriser l’entreprise face au risque de récidive.

Conflits graves et situations toxiques

Certaines enquêtes internes ne concernent pas un comportement individuel isolé, mais une dynamique collective devenue dangereuse :

• équipe divisée,
• management autoritaire,
• rivalités internes,
• perte de confiance généralisée,
• violences verbales,
• ambiance de travail dégradée.

Dans ce cas, l’enquête interne sert à :

• identifier les sources profondes du conflit,
• comprendre les mécanismes relationnels,
• faire émerger des pistes correctives,
• rétablir un climat de travail sain.

Le rapport final peut orienter l’entreprise vers une médiation, une réorganisation ou un accompagnement managérial.

L’enquête interne est un outil indispensable pour protéger les salariés, prévenir les risques et sécuriser les décisions de l’employeur. Mais c’est également une procédure complexe, exigeante et exposée, qui peut rapidement se retourner contre l’entreprise si elle est mal menée. Externaliser l’enquête auprès d’un professionnel agréé (agence de détective privé, cabinet spécialisé, expert indépendant) présente plusieurs avantages décisifs :

• impartialité totale, indispensable dans les dossiers sensibles ;
• crédibilité renforcée, grâce à un regard extérieur et neutre ;
• expertise d’investigation professionnelle, particulièrement utile pour les auditions et la collecte des preuves ;
• respect strict du cadre légal, garantissant la licéité des méthodes ;
• confidentialité renforcée, limitant les risques de fuite, rumeur ou représailles ;
• force probante accrue, les rapports d’enquête privée étant recevables en justice s’ils respectent les standards de loyauté et de précision.

Pour une entreprise, externaliser l’enquête interne n’est pas une perte de contrôle : c’est au contraire une manière de protéger sa décision, protéger ses salariés, et protéger sa responsabilité juridique. 

En matière de risques humains, sociaux et pénaux, la meilleure stratégie reste souvent celle qui combine : méthode, expertise, neutralité… et professionnalisme externe.